Jonny Wilkinson (Jonathan Peter Wilkinson) né le 25 mai 1979 à Frimley, grandit à Cheltenham au sein d'une famille où la pratique sportive a toujours été considérée sérieusement. Jeune, sa mère Philippa joue au squash avec le comté tandis que son père est un ancien très bon joueur de cricket.Son frère aîné Mark, surnommé « Sparks », pratique le rugby à XV. Influencé par cet héritage, il commence le rugby très tôt, dès l'âge de quatre ans, au sein des clubs d'Alton RFC et de Farham RFC. Il effectue sa scolarité à la Weybourne Infants School à Farnham, puis étudie à Pierrepont à Frensham, mais c'est au Lord Wandsworth College qu'il se fait remarquer en tant que joueur de rugby.À la même période, il s'essaye également au cricket et au tennis. Il termine sa scolarité avec l'obtention d'un A-level en biologie, en chimie et en français. Il s'apprête à entrer à l'Université de Durham lorsque Steve Bates, son entraîneur de rugby au collège, part entraîner l'équipe des Newcastle Falcons et lui propose de le suivre pour embrasser la carrière de joueur professionnel. Wilkinson, alors âgé de dix-huit ans, choisit de suivre son mentor. Lorsqu'il joue à Newcastle, Jonny Wilkinson partage une maison avec son frère Mark qui joue également avec l'équipe de Newcastle, dans le comté de Northumberland, à proximité de Newcastle et de la frontière écossaise. Son père, ancien conseiller financier, est maintenant le manager de son fils.
Peu de choses sont connues sur sa vie privée car il cherche à rester discret à ce sujet.Dès 2002, sa liaison avec la présentatrice de Sky Sports News Di Stewart, qui dure trois années, expose publiquement sa vie extra-sportive. Puis au cours de ses vacances à Majorque à l'été 2005, il rencontre Shelley Jenkins, une étudiante qui y travaille comme serveuse pendant la période estivale. Il apparaît ensuite publiquement avec elle lors du tournoi de Wimbledon 2006, lors de son retour sous le maillot de la Rose début 2007 et maintenant à Toulon.